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riesgo bajo. La detección de los factores de riesgo también va
a influir en el asesoramiento reproductivo y en las recomenda-
ciones de diagnóstico prenatal, diagnóstico preimplantación
u otras opciones reproductivas.
Next Generation Bioinformatics
La transición desde la secuenciación tradicional automati-
zada de Sanger a plataformas con una mayor capacidad de
producción de datos ha forzado el desarrollo de nuevos algo-
ritmos bioinformáticos y métodos de análisis necesarios para
la correcta manipulación e interpretación de una nueva gene-
ración de datos. Los continuos aumentos en la capacidad de
generación de datos que se duplica aproximadamente cada
cinco meses, ha sobrepasado con creces los recursos bioin-
formáticos disponibles hasta la fecha, suceso que algunos
autores han denominado como “
Next-Generation gap
” (47).
Sin lugar a dudas, el desarrollo de las plataformas de
Next-
Generation Sequencing
ha desencadenado el desarrollo de
“N
ext-Generation Bioinformatics
” que se enfrenta no solo a un
gran reto a nivel informático sino también biológico ya que
por primera vez es posible disponer de la información total de
un individuo. El desarrollo de herramientas bioinformáticas es
fundamental para la aplicación con éxito de la secuenciación
masiva al diagnóstico genético.
Del mismo modo que la generación de datos es un proceso
protocolizado y moderadamente estable para cada
plataforma, el análisis de los datos no sigue un modelo
“
gold-standard
”, y la combinación de diferentes piezas de
software así como su integración con diferentes bases de
datos proporcionan resultados muy distintos. La correcta
identificación y caracterización del conjunto de variantes
presentes en una muestra es uno de los procesos clave y
más sensible para la correcta aplicación de la secuenciación
masiva en el diagnóstico genético no solo debido a la enorme
cantidad de datos que han de manipularse al mismo tiempo
sino también por la gran complejidad biológica que plantea
(48). El desarrollo y establecimiento de protocolos de trabajo
eficientes, precisos y validados que permitan garantizar unos
estándares de calidad es una tarea larga y compleja, debido
a la necesidad de un exhaustivo conocimiento del funciona-
miento de las plataformas de NGS así como de la biología del
sistema en estudio para avanzar en el conocimiento sobre
la complejidad del genoma humano y progresar así hacia
un diagnóstico más preciso, un pronóstico más precoz, y un
tratamiento personalizado. Las primeras aplicaciones ya están
dando resultados en muchos aspectos de nuestra vida coti-
diana, que fundamentalmente van a afectar de forma directa
en tres áreas: las políticas sanitarias, el diagnóstico médico y
el tratamiento (49-51).
5. DESDE EL DIAGNÓSTICO GENÉTICO HACIA EL
DIAGNÓSTICO GENÓMICO. INDICACIONES DE
ESTUDIO
La secuenciación masiva está cambiando el modelo de diag-
nóstico molecular de los pacientes afectos de patología gené-
tica, de tal manera que los médicos y profesionales de la salud
se enfrentan al dilema de la selección del mejor método de
diagnóstico para la patología genética de sus pacientes y de la
comunicación de sus resultados. Por lo tanto, es indispensable
comprender las ventajas y los problemas de las diferentes tecno-
logías, la interpretación de sus resultados, el significado clínico
de las variantes detectadas, los problemas éticos que se derivan.
Debido al gran número de pruebas moleculares disponibles,
tanto genéticas (secuenciación Sanger, estudio de expansiones
por análisis de fragmentos, pruebas de metilación, estudios de
disomía uniparental, amplificación múltiple de sondas depen-
dientes de ligación entre otras) así como genómicas (array de
hibridación genómica comparada con o sin polimorfismos de
un solo nucleótido, paneles de secuenciación masiva, exoma,
genoma) se han establecido modelos de estudio en las enfer-
medades mendelianas (52, 53).
1. Estudios de un solo gen:
se recomienda este tipo de
estudios en las siguientes condiciones:
- Cuando la enfermedad se produce por mutaciones espe-
cíficas producidas en un solo gen, como es Acondroplasia
producida en el 99% de casos por las mutaciones c.1138G
>
A
(p.Gly380Arg) o c.1138G
>
C (p.Gly380Arg) del gen
FGFR3
.
- Cuando la enfermedad tiene heterogeneidad mínima, como
es la fibrosis quística producida por el gen
CFTR
.
- Cuando la metodología molecular a utilizar es diferente de
secuenciación Sanger, por ejemplo estudio de expansiones
en Ataxias espinocerebelosas o síndrome de X Frágil, MLPA en
Distrofia muscular de Duchenne/Becker o estudios de metila-
ción en síndromes de Prader Willi o Angelman.
2. Paneles de secuenciación masiva paralela:
se utilizan
preferentemente en las siguientes condiciones:
- Enfermedad con heterogeneidad genética: en este grupo se
incluyen la mayor parte de enfermedades mendelianas en las
diferentes especialidades médicas: enfermedades cardioge-
néticas como miocardiopatías trastornos del ritmo cardiaco,
aneurisma de aorta; cáncer familiar, enfermedades neuroge-
néticas como ataxias, Charcot Marie Tooth, distrofias muscu-
lares, paraplejia espástica, distonías, Parkinson; discapacidad
intelectual, epilepsias; trastornos mitocondriales de regula-
ción nuclear, trastornos metabólicos, hipoacusias, trastornos
visuales, displasias esqueléticas, etc.
- Se incluyen trastornos solapantes que se encuentran en el
diagnóstico diferencial de la patología genética, tal es el caso
de miocardiopatías.
[REV. MED. CLIN. CONDES - 2015; 26(4) 458-469]